Al trabajar con GNOME Builder la compilación / ejecución se hace dentro de una instancia de Flatpak, por ende necesitas agregar tus modules (paquetes de python) a la instancia.
En el repositorio se flatpak se ofrece una herramienta para hacer eso: flatpak-pip-generator.
Ahí mismo da las instrucciones de como utilizarlo.
Te dejo más referencias por si tienes dudas:
- Python Dependencies and Flatpak
- Python - Flatpak documentation
- GNOME Builder + Python: How can I import python packages?
Saludos 