No puedo importar numpy, matplotlib, psycopg para proyecto python GTK4 creado desde zero en Gnome Builder. Desde una terminal puedo hacer, así que está instalado, pero no a partir del proyecto.
Al trabajar con GNOME Builder la compilación / ejecución se hace dentro de una instancia de Flatpak, por ende necesitas agregar tus modules (paquetes de python) a la instancia.
En el repositorio se flatpak se ofrece una herramienta para hacer eso: flatpak-pip-generator.
Ahí mismo da las instrucciones de como utilizarlo.
Te dejo más referencias por si tienes dudas:
- Python Dependencies and Flatpak
- Python - Flatpak documentation
- GNOME Builder + Python: How can I import python packages?
Saludos 
Muchas gracias, realmente es la solución de mi problema.
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